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SCIEX和Illumina 共同研发整合蛋白质组学和基因组学的新方法

放大字体  缩小字体 发布日期:2015-03-27  来源:仪器信息网
核心提示:最近,美国的三个研发机构发布了分析和比较蛋白质组学和基因组学数据的最新应用,这些应用方法是OneOm

最近,美国的三个研发机构发布了分析和比较蛋白质组学和基因组学数据的最新应用,这些应用方法是OneOmics项目的一部分。OneOmics是Illumina和SCIEX(原AB SCIEX)的独家合作项目。

为了消除不同组学之间的信息壁垒,OneOmics项目将SCIEX基于新一代蛋白质组学(NGP) 的SWATH 采集系统和Illumina公司基于BaseSpace云计算的新一代测序(NGS)数据相结合。Advaita Bioinformatics公司、系统生物学研究所(ISB)和耶鲁大学的研究人员也在采用SWATH蛋白质组学数据开发云技术的应用程序和数据库。

系统生物学研究所(ISB)副教授Rob Moritz带领团队开发了SWATHAtlas Ion Library Generator应用程序,它提供了快捷进入ISB数据库的方法,为具有SWATH采集系统的NGP服务。目前,ISB数据库已经包括了人、酵母和结核杆菌蛋白质组数据库。“我们很高兴成为SCIEX和Illumina合作项目的一部分,” Moritz说,“ISB和整个学术界开发的这些应用程序提供了一个强大的解决方案,这不仅给蛋白质组学研究道路带来很大影响,而且将会建成系统生物学数据系统。”

Advaita公司为BaseSpace平台研发了iPathwayGuide分析包。该应用分析包可以用作生化途径分析、GO分析、miRNA预测、药物和疾病分析。它简化了从整合蛋白质组学、转录组学数据库寻找生物数据的过程,并将有助于推进生物标志物的发现和疾病研究。

耶鲁大学的Chris Colangelo和Rob Kitchen共同为BaseSpace平台开发了RNASeq应用程序。这个应用程序能将一个Illumina的RNASeq实验数据转换为一种蛋白质数据组,得到的数据可以为建立SCIEX SWATHTM采集系统数据库。因此,它是一个更有针对性的蛋白质组学分析方法,这对某特殊疾病的遗传学研究者来说非常有用。这一系列工作流程是系统生物学研究的普通需求,但直到现在只有少数专业的实验室能满足这些复杂的生物信息学条款。

“SWATHTM采集系统使研究人员能够准确、多次的从成百的样品中定量数以千计的蛋白质,从而得到在不同环境刺激下蛋白质组的变化等非常有意义的结论。” SCIEX公司的理论与临床研究业务高级总监 Aaron Hudson说,“下一步是将得到的这些蛋白质组学的结论与基因组学和转录组学等其他组学的结论整合在一起。此项目的三家合作机构ISB、耶鲁大学和Advaita Bioinformatics公司都推出了免费的应用程序,这些应用程序对此工作方法的深入实验室很有帮助,同时也铺设了通向横跨生命科学中两大领域的标准化数据分析的道路。”

 
 
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