罗氏454 GS Junior获得肠出血性大肠杆菌最完整装配数据
据454 基因组研发总监Chinnappa Kodira介绍:尽管肠出血性大肠杆菌的部分片段一周前通过短读长测序平台获得了初步结果,但整个基因组的装配工作还未完成;整个基因的排布、内容等判断肠出血性的机理还有待进一步数据的完善得出结论;因此英国健康保护局相继开始在454 GS Junior的平台上对O104株型进行更完整的解读,并于6月14日之前将迄今最完整的基因组数据上传至NCBI。
当前通过454获得了完整的基因组装配序列,装配的完整性对于了解基因组结构,特别是如何获得致病性基因具有特别的意义,因其可判断致病性基因区段如何通过水平基因转移机制形成当前的致病株,以及整个进化、推进的全过程。结果显示致病株整合了来自其他两个株型的基因序列形成了两段特别的基因组序列与质粒序列,很可能对就是致病性产生的机制,这样的随机整合使O104不再平凡。
这场令数十人丧生,数千人入院治疗的疫情牵动了来自全球各地疾病控制中心与健康保护机构的神经,生命的脆弱带来的震动对于一探究竟的科研工作带来了无限动力;贯以长序列读长病原微生物检测,宏基因组研究著称的454测序平台成为此次解密当仁不让的选择,而对于此类基因组较小的物种,精巧型的测序平台GS Junior完全可以胜任。使用454 GS Junior平台完成一次测序仅需10小时,由于获得的序列读长较长,2小时内完成数据处理。
454 CEO Christopher McLeod 说,很欣慰能够看到454测序技术在人类健康研究中做出的贡献“,可以在疫情爆发事件中提供快速、高质的基因组数据,为诊断与医疗提供强有力的数据是454 技术致力不变的发展方向。