一文读懂tNGS和mNGS的临床应用区别
mNGS的优势
mNGS是一项无需临床预判,可以无偏倚地检出样本中包括细菌、真菌、病毒和寄生虫在内的所有微生物的核酸检测技术。mNGS在感染性疾病病原诊断方面发挥着越来越重要的作用,尤其适用于疑难危重、免疫缺陷或疑似感染罕见、新发病原体等特殊患者的病原诊断。
tNGS介绍
tNGS,一种只针对特定基因序列进行高通量测序的技术,通过大量针对特定基因序列的引物/探针对待测样品中抽提出的核酸进行超多重PCR扩增/探针捕获,获得大量目标核酸片段,再对这些目标核酸片段进行高通量测序,然后对所得序列进行生信分析,从而实现对待测样本中的核酸进行高灵敏以及高分辨率的识别。
技术路线A:多重引物扩增 技术路线B:探针捕获
更经济—tNGS靶向测序
靶向检测,主要是使用超多重PCR来进行检测,配合NGS测序,超多重PCR兼具PCR对于特定微量DNA模板的特异性扩增性能以及多个片段同步扩增的能力。目前tNGS技术的应用范围包括遗传病检测、癌症检测和传染病检测等几个方面。
针对mNGS方法在临床上检测灵敏度和成本的诸多问题,tNGS可在增加样本中病原微生物信息、提高灵敏度的前提下大大减少测序数据量,从而实现性能及成本的双重优化。一般应用于院内感染筛查。
tNGS
01
较低的检测成本及耗时
tNGS样本测序数据量约为mNGS的千分之一,它只需针对特异性扩增片段检测,降低了检测时间和成本,同时数据处理结果的稳定性和可重复性明显提升。
02
不受人类基因组及背景菌影响
tNGS检测目标仅包含预先设定的致病病原体,PCR产物不包含人源基因片段及背景菌群基因片段,因此完全不会受到人源干扰及背景菌群的影响。
03
大幅强化表型基因检测性能
tNGS直接针对耐药、毒力等基因进行扩增,可满足针对病原体特定基因的检测需求。
04
可以对病原体进行真实定量检测
与mNGS相比,tNGS可以通过简单的引入定量内参,实现对病原体的真实定量检测,获得样品中每个被检出病原体的真实拷贝数。
05
强化病原抽提率
tNGS法不但可以抽提得到血液中的游离DNA,此外,由于其无惧裂解人类细胞的特点,还可以抽提血液中白细胞内的DNA,从而充分利用被白细胞所吞噬的病原体DNA,借此可以进一步提升血液中病原体的检出效率。
tNGS适用临床场景
tNGS检测的病原种类
tNGS检测的病原种类
可检测近百种临床常见病原体,部分如下:
tNGS&mNGS-相辅相成
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内容来源 | 余姚市人民医院呼吸病中心
图片来源 | veer、ibaotu
排版 | jinbao
审校 | 金宝