mNGS测不准？第一步标本采集搞错，后面全白做(附采集要点)
近年来，感染性疾病的病原体构成越来越复杂，传统的病原检测方法常常捉襟见肘。以呼吸系统感染为例，传统培养法对不同类型标本中细菌谱的分析固然有其不可替代的价值，但检测周期长、阳性率不高等短板一直困扰着临床。
正是在这样的背景下，宏基因组测序（mNGS）应运而生。相比于传统分子检测方法的“独杆钓鱼”，mNGS如同“一网打尽”，一次测序即可无偏倚地检测几千甚至上万种微生物，特别适合危重感染、免疫抑制患者和突发传染病等疑难场景。
然而，请务必记住一条铁律：任何先进的检测技术，都无法弥补不合格的临床标本所带来的缺陷。如果第一步——标本采集没做好，后面所有的检测都是在“垃圾上建房子”。我们检验行里有句话：“Garbage In, Garbage Out”，意思是进去的是垃圾，出来的也是垃圾。这个原则在病原体高通量测序中尤为残酷——标本质量直接决定了你最终拿到的测序报告的准确性。
如何守好病原精准测序的第一步：标本采集、运送与保存？以下采集要点请牢记：
传统微生物检测的核心是“把活的细菌养出来”，所以特别强调无菌操作——防止皮肤和环境里的细菌混进去。但测序不一样，测序检测的是微生物的核酸。这就要求我们把重点从“防活菌污染”转向“保核酸完整、防核酸污染”。差之毫厘，谬以千里。
一、总原则：把标本当成“易碎品”对待
01 采样时机：用药前！用药前！用药前！
重要的事情说三遍。用了抗生素或抗病毒药，病原体就被“打残”了，核酸也会降解。所以采样必须在用药之前，或者距离上一次用药时间足够长。
02 采够量，别小气
核酸提取需要一定的标本量才够。例如：
⭐️脑脊液≥2mL
⭐️胸腹水≥5 mL
⭐️肺泡灌洗液≥5 mL
⭐️血液≥5 mL
03 采血管别乱用
⭐️首选：含核酸保护剂的专用采血管。
⭐️次选：EDTA抗凝管（紫盖），但采后要尽快（30分钟内）离心分离血浆并冷冻。
⭐️禁用：肝素管（绿盖）、普通促凝管（红或黄盖）——肝素会破坏PCR反应，促凝剂会让核酸迅速降解，导致检测失败。
二、测序的核心要求：从“无菌”转向“无核酸”
传统培养怕“活菌污染”，测序怕的是外源核酸污染和核酸降解。所以采样时要特别注意：
工具和环境：使用无核酸酶的一次性耗材，操作台干净，戴手套、口罩，避免说话、咳嗽污染样本。
标本离体后要“快”和“冷”：
⭐️尽快处理（最好2小时内）
⭐️低温保存（2-8℃短期，-80℃长期）
⭐️避免反复冻融
三、不同部位的标本，各有“讲究”
我们把人体标本分为两大类：无菌部位和有菌部位。
（一）无菌部位标本
这些部位正常时完全无菌（血液、脑脊液、胸腹水、关节液、膀胱穿刺尿、深部组织等）。一旦检出微生物，高度提示真实感染，价值极高。
注意事项：
⭐️必须严格无菌操作，避免皮肤细菌污染。
⭐️脑脊液：尽量避免混入血液，建议用第二管以后的标本送测序，第一管容易混入皮肤细胞或细菌。量尽可能多（≥2mL），不要加任何抗凝剂，尤其禁止肝素。
⭐️血液：标本采集前应严格做好穿刺点及周边皮肤的清洁和消毒，切忌在输液处或导管处采集血标本。
（二）有菌部位标本
这些部位本来就有正常菌群（痰液、咽拭子、尿液、粪便等）。测序的难点是如何区分“致病菌”和“定植菌”。
注意事项：
⭐️痰液：要深部咳痰，不是口水！先刷牙或清水漱口，然后用力从肺里咳出来。送脓性、粘液样的部分，泡沫多的多半是唾液，不行。
⭐️肺泡灌洗液（BALF）：这是下呼吸道感染最理想的标本，受上呼吸道污染最少。收集灌洗液时，弃去前段可能污染的部分，回收第2管及以后的标本。
⭐️咽拭子：应在清洁创面后尽可能取感染基底部位，选择有专用保护液的拭子采集管。
⭐️尿液：采集中段尿，晨尿最佳。千万不要从集尿袋的螺口处放尿——那里已经污染了。
四、标本转运和保存：测序标本比普通标本更“娇贵”，打包要严实
转运：所有样本均应及时送检，采集后应立即密封并采用一次性密封袋封装标本采集管等。针对血液样本，可常温运输（若夏季高温天气，建议冰袋低温运输）；其他样本在24 h内到达实验室并开始检测，可考虑冰袋低温运输；若运输时间 24~72 h，应干冰运输（血液样本应先分离血浆后保存运输）。
保存：不能及时送检样本的长期保存原则。
血液标本可置于4℃冰箱保存，但最长保存时间不得超过7d（游离DNA采血管）；
其他类型临床标本如不及时送检，可于-20℃保存，但最长保存时间不超过7d；若需长期保存，应置于-80℃冰箱；
应避免标本的反复冻融，一般不得超过3次；
若怀疑高致病性或突发传染病，严格按照国内传染病法等相关法律要求包装及转运。尽可能在医院生物安全防护条件下，抽提核酸后再送测序。
五、一句话总结
不要再把测序标本当成普通培养标本了！
每一份准确的报告，背后一定是一份高质量的标本。让我们共同努力，守住病原精准测序的第一步，让患者得到更快、更准的诊断。
参考文献：
宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识
高通量测序技术在分枝杆菌病诊断中的应用专家共识
中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识
中枢神经系统感染性疾病的脑脊液宏基因组学第二代测序应用专家共识
宏基因组二代测序技术在新生儿感染性疾病中的临床应用专家共识
高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识
呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识
宏基因组二代测序技术在血液病患者感染病原诊断中的应用中国专家共识（2023年版）
宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识
《宏基因组高通量测序技术临床实验室规范化应用指南（2026 版）》
