共识2：疑似血流感染，建议抗菌药物使用前、抗菌药物疗效差、停用抗菌药物24h后或下次用药前同步送检tNGS和血培养。

共识3：疑似呼吸系统感染，常规用药效果不佳，3d内病原学检测阴性或重症感染时，推荐送检tNGS。

共识4：疑似tNGS检测范围内特殊病原体感染(如螺旋体、军团菌、支原体、衣原体、分枝杆菌等)且病情进展快或病程长的患者，免疫抑制、合并基础疾病、反复呼吸系统感染等病情危重者，有临床症状、影像表现或者血清学表现但规范抗感染治疗无效者，推荐送检tNGS。

共识5：疑似罕见或新发病原感染，不在tNGS检测范围内，推荐mNGS检测。无法获得优质样本时，不建议送检mNGS或tNGS。

共识6：疑似泌尿系统感染，推荐优先采用尿培养明确感染的病原体，当尿培养阴性或无法明确病原体时，如果有特殊病原体感染史或暴露因素等，推荐采用靶向PCR;如果无病原体怀疑方向时，推荐送检尿tNGS。

共识7：疑似中枢神经系统感染，若3d内未明确感染病原体且抗感染经验性治疗无效，推荐送检脑脊液tNGS。

共识8：疑似tNGS检测范围内特殊病原体(隐球菌、脑膜炎双球菌、结核分枝杆菌等)且病势迅疾或迁延感染患者，建议送检tNGS。

共识9：疑似局灶性感染，3d内常规病原学检测阴性，经验性用药治疗效果不佳，或疑似检测范围内特殊病原体且病势迅疾或迁延者，推荐送检tNGS。

共识12：tNGS样本提取前需进行合适的前处理(如黏稠样本的完全消化或液化，以及血液样本的血浆分离等)，一般无需去宿主核酸。

共识14：文库构建是tNGS的核心内容，直接影响检测灵敏度和特异性，需根据检测目的选择合适的建库路线，并做好质量控制。

共识15：捕获探针或超多重PCR引物，建议至少设计3对或以上;对于致病性或常见感染的病原体，建议设计5对或以上。

共识16：基于探针捕获的tNGS建议数据量在1000000(1M)序列以上，基于超多重PCR的tNGS最低数据量建议在100000(0.1M)序列以上。

共识17：tNGS数据比对范围应包括检测范围内所有病原体和人源基因组，原始数据应去除低质量数据(质量值<20)、短序列数据[(N碱基比例过高的序列(N碱基>5%)]、低质量和接头序列(<36bp)、舍弃去adapter及质量修剪后长度小于30 bp的序列和低平均质量值序列(平均质量值<30)。

共识18：生信分析输出，数据质控应包括:数据量(总序列数)、测序质量(Q30比例)、内参序列数;物种注释应包括:种/属水平的中文名和拉丁名、原始序列数、归一化序列数、覆盖度(探针捕获法)或扩增子数(超多重PCR法)、阴控数据及各物种批次检出情况。

共识19：检测值低于阳性阈值，不报告;检测值达到或高于阳性阈值，排除实验干扰后报告阳性;无法排除实验干扰应复测或重新采样送检，必要时进行第二种方法学的验证(实时荧光定量PCR等);无法重新采样或无剩余样本，高致病性病原体需结合临床表现后谨慎考虑是否报告，其他病原体可作为疑似背景(灰区)进行报告，以提供更多信息供临床参考;检出病原体同时存在关联的耐药基因，建议同时报告耐药基因信息。

共识22：定植或微生态微生物，一般不考虑为病原体;如为免疫抑制或与其他微生物检测结果一致或与临床诊断相符，建议作为病原体依据之一。

共识24：实验室人员应根据岗位职责参加不同的培训，包括政策法规、质量管理体系、标准操作规程、性能确认、生物安全、仪器设备的使用和维护、室内质量控制、室间质量评价及其他专业知识，并留存培训记录。

共识25：检测全流程的管理，应制定相应的质量体系文件，及仪器、项目等标准操作流程(standard operating procedure,SOP),形成质量手册，放于固定位置以备随时查阅，指导检测全流程质量控制。

共识26：检验前质量控制，建议包含知情同意书、送检申请单、接收标准、拒收标准、让步检验标准。

共识27：检验中质量控制,建议遵循基因扩增实验室标准要求,合理规划分区并制定详尽的全流程检测SOP及异常情况处理程序。

• 检测范围不统一，可能导致漏检。

• 对低载量病原体检测灵敏度存在技术性挑战，可能影响对混合感染中次要病原体的检出。

• 实验过程易受污染，对实验室环境和操作规范要求高，存在假阳性风险。