在HIV感染早期，病毒即可在大脑内复制
在脑脊液（CSF）分析中，在一个大脑化学活性窗口中发现，部分HIV感染的患者，在感染的头四个月中，HIV在大脑中已经开始了复制。30%的HIV感染患者的CSF跟踪表明，至少具有暂时性的验证现象-这意味着一个活性的感染过程或者在感染的头两年出现了病毒复制。还有证据表明，变异的病毒能够进入到中枢神经系统中，这与外周血的病毒在进化上是不同的。
“这些结果强调了早期诊断以及早期抗逆转录病毒治疗的重要性，”NIH的心理健康研究所（NIMH）的艾滋病研究分部的主任Dianne Rausch这样说。“任何研究，都会造成病毒在大脑中找到隐蔽处，并进而产生损伤，同时，在大脑中，很多药物具有较差的疗效-即使病毒在外围已经收到了控制，也有可能从大脑中重新出来，产生新的感染。”
在之前的研究中，我们已经知道，HIV很容易穿透血脑屏障，并可以触发神经问题，并最终在感染过程中导致痴呆。然而，至今还没有关于病毒是如何进入和茁壮成长的证据。并且，在病毒感染身体的过程中，大脑究竟多大程度上作为一个难以触及的隐藏处，我们还不是十分清楚。
为了了解更多的信息，研究人员比较了感染了和72名未感染HIV人的CSF和血液的证据。总体上，在头两年，10-22%的患者在不同时相点中，大脑中都会出现HIV复制或者炎症的证据-随着时间的推移，大约16%的患者会持续出现。
有证据表明，大多数患者外周血的感染形式都是病毒感染免疫细胞，并通过血液传染到大脑中。而在一些患者中，在血液中出现的基因突变，并没有出现在大脑中。所以大脑会成为一个独立，隔离的病毒潜伏库，而产生抗药性突变形式的能力，可能会在成功的治疗之后，造成疾病的爆发或者重新感染。
Swanstrom说，早期HIV复制和炎症是否会造成的潜在的大脑损害，还需要进一步的进行研究。
