直接对患者样品进行耐药性结核细菌基因组分析的新方法
欧洲研究联盟开发了一种结核（TB）耐药菌株——结核分支杆菌的检测方法，能在几天内得出检测结果，而目前使用的方法需要数周才能得出检测结果。
新方法允许对患者唾液样品中的结核分支杆菌进行全基因测序。全基因组测序提供了耐药性变异和菌株类型的综合数据，用于监测传输，但不同于传统的分子检测，后者需要经培养物中长时间培养后方可从结合分支杆菌中获得这些综合数据。
PATHSEEK项目框架中的研究者，包括University College London（United Kingdom）、Erasmus Medical Center（Rotterdam，The Netherlands）和生物技术公司CLC bio（Aarhus，Denmark）和Oxford Gene Technology（Oxford，United Kingdom）的研究者，已经描述了一种从患者唾液样本中直接富集结合分支杆菌DNA的方法。
组织样本（蓝色）中的结核分支杆菌（染成紫色）（照片由CDC提供）
该技术使用生物素化RNA baits，为结核分支杆菌DNA专门设计，用于直接从感染此菌的唾液样本中捕捉全面结核分支杆菌基因组，无需培养即可获得全基因组测序。研究者使用本方法分析了24份涂片阳性唾液样本，这些样本采集自英国和立陶宛，同时获得了匹配的培养样本，且两份样品在培养物中生长失败。
从全部24份涂片阳性、培养阳性唾液中获得了结合分枝杆菌的测序结果，其中20份样本的测试结果质量很高。比较此结果与传统的分子和基于培养物的方法，观察到表观型耐受结果和基于基因型预测的耐药性高度一致。由一份涂片阳性、培养物阴性实例获得了优质序列数据。
“使用传统的方法检测，耐药性结核病患者需要等待长达6周才能获得抗生素耐药性检查的结果，”资深作者，University College London的病毒学教授，Judith Breuer博士说。“这段时间里，患者服用的药物可能并非最佳药物，或可能承受并非必须承受的和令人不快的治疗副作用。我们的技术和联合使用的软件能够将细菌耐药性检查的时间减少到数天，允许医生在更短的时间内为患者提供精确的细菌耐药性治疗。”
Oxford Gene Technology的执行副总裁，John Anson博士说明，“参加PATHSEEK项目方便我们开展研究，能由此产生如此丰硕的研究结果，并在开发快速检测技术和确定如此重要疾病的特征时发挥积极的作用。”
新方法的详细情况已发表于2015年5月13日的网络版Journal of Clinical Microbiology（临床微生物学杂志）。
新方法允许对患者唾液样品中的结核分支杆菌进行全基因测序。全基因组测序提供了耐药性变异和菌株类型的综合数据，用于监测传输，但不同于传统的分子检测，后者需要经培养物中长时间培养后方可从结合分支杆菌中获得这些综合数据。
PATHSEEK项目框架中的研究者，包括University College London（United Kingdom）、Erasmus Medical Center（Rotterdam，The Netherlands）和生物技术公司CLC bio（Aarhus，Denmark）和Oxford Gene Technology（Oxford，United Kingdom）的研究者，已经描述了一种从患者唾液样本中直接富集结合分支杆菌DNA的方法。
组织样本（蓝色）中的结核分支杆菌（染成紫色）（照片由CDC提供）
该技术使用生物素化RNA baits，为结核分支杆菌DNA专门设计，用于直接从感染此菌的唾液样本中捕捉全面结核分支杆菌基因组，无需培养即可获得全基因组测序。研究者使用本方法分析了24份涂片阳性唾液样本，这些样本采集自英国和立陶宛，同时获得了匹配的培养样本，且两份样品在培养物中生长失败。
从全部24份涂片阳性、培养阳性唾液中获得了结合分枝杆菌的测序结果，其中20份样本的测试结果质量很高。比较此结果与传统的分子和基于培养物的方法，观察到表观型耐受结果和基于基因型预测的耐药性高度一致。由一份涂片阳性、培养物阴性实例获得了优质序列数据。
“使用传统的方法检测，耐药性结核病患者需要等待长达6周才能获得抗生素耐药性检查的结果，”资深作者，University College London的病毒学教授，Judith Breuer博士说。“这段时间里，患者服用的药物可能并非最佳药物，或可能承受并非必须承受的和令人不快的治疗副作用。我们的技术和联合使用的软件能够将细菌耐药性检查的时间减少到数天，允许医生在更短的时间内为患者提供精确的细菌耐药性治疗。”
Oxford Gene Technology的执行副总裁，John Anson博士说明，“参加PATHSEEK项目方便我们开展研究，能由此产生如此丰硕的研究结果，并在开发快速检测技术和确定如此重要疾病的特征时发挥积极的作用。”
新方法的详细情况已发表于2015年5月13日的网络版Journal of Clinical Microbiology（临床微生物学杂志）。
点赞 0 反对 0 收藏 0
评论 0
