全基因组测序:推动骨髓增生异常综合征(MDS)的研究

诺禾致源微信公众平台 4136 2014-06-26

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       骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes, MDS)是起源于造血干细胞的一组异质性髓系克隆性疾病,特点是髓系细胞分化及发育异常,表现为无效造血、难治性血细胞减少、造血功能衰竭,高风险向急性髓系白血病(AML)转化。MDS治疗主要解决两大问题:骨髓衰竭及并发症、AML转化。MDS在临床上的表现差异较大,发病机制也比较复杂。

       本研究选取了最容易转化为急性髓性白血病的一种MDS亚型,8例伴有原始细胞增多的难治性贫血(RAEB),CD34+造血干/祖细胞(HSPC),进行了全基因组重测序,并选取6例样本进行了转录组测序。

       全基因组重测序结果,结合Sanger测序鉴定了96个基因突变;引用Cancer Genome Atlas Research Network,5个AML样本(5种亚型)全基因组数据,发现本研究RAEB与AML有很相类的核苷酸置换模式。克隆分析结果显示8例样本中存在2种克隆结构,其中在6例中存在着亚克隆。后续在CD34+和CD34-细胞系中,利用Sanger测序,发现HSPC的扩增状态存在着异质性。

       随后,在196名不同MDS亚型的患者中进行了高深度目标区域测序,选取39个基因,并进行综合性的基因突变分析。发现了一个涉及八个功能范畴的分子调控网络。将这些有预后价值的标志基因与国际预后评分系统(IPSS)结合起来,形成IPSS-R-M评分系统,可以帮助人们对MDS进行更好地划分。

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